Pokémon Unite có lối chơi thủ trụ vô cùng độc đáo khác biệt so với những trò chơi MOBA cùng thể loại trên thị trường
Không giống như những trò chơi MOBA thông thường khi mà Pokémon Unite không hề có hệ thống trụ, nhưng trò chơi lại sở hữu Goal Zone, một thứ để thay thế cho trụ và đòi hỏi người chơi phải tiến hành phòng thủ tại nơi đây. Nguyên do là chỉ cần đối phương tấn công vào Goal Zone thì họ có thể ghi điểm, cho đến khi vượt qua ngưỡng 100 điểm thì Goal Zone sẽ biến mất, giống như cách mà người chơi bị mất trụ vậy.
Trên bản đồ Remoat Stadium có cho mình tổng cộng 5 Goal zone, bao gồm 2 Goal Zone ở mỗi đường trên và dưới, còn Goal Zone cuối cùng nằm ở trong nhà của mỗi đội mà. Những Goal Zone ở bên ngoài sẽ có 100 điểm, còn Goal Zone trong cùng sẽ không có điểm dù người chơi có trực tiếp tấn công vào.
Khi đứng trong Goal Zone thì người chơi sẽ nhận được một lượng giáp ảo và hồi máu cho bất kì Pokemon nào đứng ở bên trong đó. Goal Zone đầu tiên sẽ hồi cho Pokemon 200 máu, Goal Zone giữa sẽ là 400 máu và Goal Zone cuối sẽ hồi 600 màu, cũng bởi vì lý do này mà Goal Zone là vô cùng quan trọng bởi nó giúp cho người chơi phòng thủ một cách hiệu quả nhất.
Ngoài ra thì Goal Zone đầu tiên ở cả 2 đường sẽ sinh ra trái Sitrus Berry có công dụng hồi 1500 máu cho mỗi người chơi khi ăn được. Vì vậy người chơi hãy căn thời điểm chính xác để trái Berry phát huy được công dụng "lật kèo" của mình. Nếu tính toán chính xác thì người chơi không chỉ có thể thắng giao tranh mà còn có được cả Goal Zone của đối phương nữa.
Trong những trò chơi MOBA thì việc băng qua trụ của đối phương là việc không được khuyến khích, trừ khi bạn đủ sức để có thể hạ gục đối thủ của mình nhanh chóng. Tuy nhiên đối với Pokémon Unite thì việc băng qua Goal Zone của đối phương thì sẽ như thế nào?
Theo đó việc một Pokemon băng qua Goal Zone của đối phương sẽ bị giảm tốc độ di chuyển, tấn công một cách đáng kể, đồng thời tầm nhìn của bạn sẽ bị lộ cho toàn bộ những thành viên của đối phương thấy được. Cũng bởi vì lý do này mà việc băng qua Goal Zone của đối phương vẫn không được khuyến khích và việc ưu tiên đó là hạ Goal Zone rồi hẵng tính tiếp.
Một trận đấu của Pokémon Unite sẽ diễn ra trong vòng 10 phút nên thường thời điểm 2 phút cuối cùng là vô cùng quan trọng khi mà Huyền thoại Zapdos xuất hiện. Lúc này đội nào ăn được nó sẽ có lợi thế cực kì lớn trong việc định đoạt số phận của trận đấu. Cũng trong thời điểm này thì số điểm ghi vào Goal Zone sẽ được nhân lên gấp đôi, đồng nghĩa với việc đội của bạn có thể thu thập một lượng bóng bay vừa đủ và tiến hành "back door" đối phương mà không cần phải tập trung vào ăn Zapdos.
Quyết định của bạn vào từng thời điểm của trận đấu sẽ là thứ định đoạt liệu bạn có giành được chiến thắng hay không vào những giờ phút cuối cùng.