Sau cái chết của Ezio - nhân vật chính trong các series AC trước. Sứ mệnh cứu thế giới khỏi thảm họa diệt vong tiếp tục đưa Desmon đến với Ratonhnhake:ton thông qua "cỗ máy thời gian" Animus, hay còn được biết đến với cái tên phổ biến hơn là Connor Kenway, nhân vật chính trong phiên bản Assassin’s Creed III.