Sau khởi nguồn của F.E.A.R. First Encounter Assault Recon, giờ đây Alma Wade đã hoàn toàn tự do và bắt đầu quá trình báo thú những kẻ đã tiến hành các cuộc thí nghiệm vô nhân tính
[Xem lại cốt truyện F.E.A.R. First Encounter Assault Recon tại đây]
Sau thành công của F.E.A.R. First Encounter Assault Recon, hãng Monolith Productions tiếp tục bắt tay vào thực hiện F.E.A.R 2: Project Origin. Ban đầu, tựa game này chỉ mang tên Project Origin do Monolith đã để bản quyền tên F.E.A.R rơi vào tay hãng Vivendi. Trong khoảng thời gian đó, Monolith đã đặt câu hỏi cho người hâm mộ về tên của game, thông qua đó chọn ra 3 cái tên có số lượt bình chọn cao nhất là "Dark Signal", "Project Origin" và "Dead Echo". "Project Origin" đã được chọn làm tên chính thức cho game, nhưng doanh thu nghèo nàn của hai bản mở rộng mà hãng Vivendi thực hiện cho F.EA.R. dẫn đến việc họ phải bán quyền sở hữu tên gọi này lại cho Monolith, và game đã được chính thức lấy tên là F.E.A.R. 2: Project Origin.
Câu chuyện của F.E.A.R. 2: Project Origin tiếp tục xoay quanh Alma Wade, một cô bé với những khả năng siêu nhiên đã bị biến thành một vật thí nghiệm của tập đoàn ATC. Trong phần này, người chơi sẽ vào vai Michael Becket, một thành viên của lực lượng Delta Force, cùng với đội của mình được cử đi để bắt giữ Genevieve Aristide. Cuộc bắt giữ được tiến hành khoảng 30 phút trước đoạn kết của F.E.A.R. First Encounter Assault Recon. Mở đầu game, Becket nhìn thấy Alma đang ngồi đung đưa trên xích đu dưới một tán cây. Nhưng khi anh tiếp cận, mọi thứ bỗng mờ đi, và rồi anh cảm thấy hình ảnh ảo giác của một thành phố bị phá hủy. Tại đó, Becket nhìn thấy Alma, rồi đi theo cô vào một hố đen quay trở về thực tại.
Khi Becket phục hồi, anh vẫn nghe thấy tiếng nhạc, và Alma trong hình dáng trẻ con nắm lấy anh, trước khi đột ngột biến mất. Đội của Becket đến một căn hộ nơi Aristide sinh sống, và phát hiện ra nó đang bị tấn công bởi một đội lính đánh thuê Black Ops, chỉ huy bởi chính Hội đồng quản trị của ATC. Sau khi giải cứu Aristide, Becket khám phá ra những gợi ý của một dự án mang tên "Harbinger", có liên quan đến anh và một số thành viên cùng đội. Aristide khẳng định Becket và đội của anh là cách duy nhất để ngăn cản Alma, nhưng trước khi cô kết thúc phần giải thích, Point Man của đội F.E.A.R. đã cho nổ lò phản ứng của Cơ sở Origin, và Becket bị choáng bởi cú nổ. Trước khi hoàn toàn mất nhận thức, anh nghe được một cuộc đối thoại ngắn giữa Aristide và những người lạ mặt, nói họ để anh và đồng đội vào một chiếc trực thăng.
Sau khi tỉnh dậy, Becket phát hiện ra anh đang được điều trị bởi một đội ngũ bác sĩ dưới lệnh của Aristide, và bắt đầu nhìn thấy nhiều hình ảnh của Alma hơn. Sau khi phục hồi, anh nhận ra mình đang ở trong một bệnh viện sâu dưới lòng đất, bên cạnh những thành viên còn lại trong đội. Bệnh viện sau đó bị tấn công bởi nhóm dọn dẹp của ATC do Tướng Richard Vanek dẫn đầu, và Becket phải tìm cách thoát khỏi đó. Trong lúc bỏ trốn, Becket nhận được liên lạc qua radio từ một người đàn ông tự gọi mình là "Snake Fist". Trên đường ra khỏi bệnh viện, Becket tìm thấy đồng đội Redd Jankowski bị đứt lìa một cánh tay. Trước khi chết, Jankowski hỏi Becket liệu anh có thể "nghe thấy nó", và rằng họ "cần phải giúp cô ấy", tạo mối liên hệ đến Alma.
Sau khi thoát khỏi bệnh viện và đối đầu với chỉ huy lực lượng ATC, Becket chiến đấu để trở lại mặt đất, đối mặt với một nhóm lính Replica đã được tái kích hoạt. Trong lúc cố gắng thoát khỏi bệnh viện, Becket liên tục bị tấn công vật lý bởi Alma, người mà Snake Fist nói rằng đang cố gắng "hấp thụ" Becket, bị thu hút bởi nguồn năng lượng tâm linh anh phát ra sau khi hồi phục. Khi lên tới mặt đất, Beck gặp lại những thành viên cuối cùng của đội, chiến đấu một lần nữa vượt qua đống đổ nát ở Fairport với vô số lính Replica và máy móc, cùng với những nỗi sợ hãi ảo giác. Sau khi cứu Lieutenant Stokes khỏi những tay bắn tỉa, họ liên kết với nhau và tìm đến chỗ Master Sergeant Griffin, nhưng ông bị Alma giết.
Vì không có cách nào giúp đỡ hay báo thù cho Griffin, họ quay trở lại APC và những gì còn lại của Dark Signal. Giờ đây những thành viên còn lại là Becket, Lieutenant Keira Stokes, Sergeants Manuel Morales và Harold Keegan, cả đội đi đến gần ngôi trường tiểu học Wade, nơi bị điều khiển bởi Armacham, cũng là nơi Snake Fist và Aristide đang ẩn náu. Keagan rời đi để báo lại nhiệm vụ, trong khi Becket và Stokes tiến vào trường thông qua cổng chính. Sau một cuộc tìm kiếm manh mối căng thẳng, họ bị chia ra bởi Alma. Becket chiến đấu với những thứ dị thường và những đòn tấn công bởi Alma, trong nỗ lực trở lại chỗ của Stokes. Khi gặp Stokes, Becket được giao nhiệm vụ tìm Snake Fist trong văn phòng y tá.
Khi đến tầng hầm, Becket khám phá ra bên dưới trường học là một cơ sở nghiên cứu khác của Armacham, được dùng cho một dự án được biết đến với tên gọi "Paragon". Tại đây, Becket khám phá ra dự án Harbinger là một nỗ lực để tạo ra nhiều chỉ huy tâm linh hơn, tương tự như Paxton Fettel mà không cần đến Alma Wade, và rằng Becket và Keegan là hai mẫu vật hứa hẹn nhất. Trong khi đó, dự án Paragon nhằm mục đích tạo ra những đứa trẻ có điều kiện tâm linh ổn định để làm việc cho ATC. Trong tầng hầm, Becket phải đối đầu với nhiều lính của cả RTC lẫn Replica hơn, cùng với những "vật thí nghiệm" từ các thí nghiệm của Harbinger trong quá khứ.
Becket giết Colonel Vanek, và tìm Snake Fist. Snake Fist tiết lộ bản thân mình là một nhà nghiên cứu cho Armacham, và giải thích cách duy nhất để đánh bại Alma là đi đến một căn cứ Armacham bên trong một lò phản ứng hạt nhân dưới lòng đấn gần Still Island, tại đó có chứa một thiết bị có thể khuếch đại sức mạnh tâm linh. Với thiết bị này, Becket có khả năng đánh bại Alma với những kĩ năng tâm linh của riêng anh. Snake Fist nhấn mạnh rằng họ cần phải rời đi ngay lập tức, rồi đưa cho Becket một món vũ khí thí nghiệm anh lấy từ nhà máy. Vừa lúc đó, một sát thủ Replica nhảy xuống và cắt cổ Snake Fist, khiến anh chết ngay lập tức.
Khi đến Still Island, đội của Becket bị tập kích bởi những tên lính Replica, Keegan bỗng trở nên bàng hoàng và rời đi. Becket đi theo cố gắng phục hồi cho Keegan, nhưng bị ngăn cản bởi lực lượng Replica. Sau khi đánh bại cả những tay lính này và nhiều sát thủ hơn của Alma, cuối cùng anh đã nhập hội với những người còn lại trong đội bên dưới Still Island, và tiến về nhà máy Armacham. Becket tiến vào khu vực đặt máy khuếch đại, nhưng ngay khi Stokes chuẩn bị khởi động cỗ máy, cô bị ngăn cản bởi Genevieve Aristide, và bà cho biết mình đã "mổ xẻ" Becket để anh có thể đóng vai trò "chim mồi" thu hút Alma.
Thay vì hủy diệt Alma, Aristide lại lên kế hoạch giam giữ Becket và Alma bên trong thiết bị cùng với nhau, để bà có thể dùng Alma chống lại Armacham. Stoke phản đối dự định của Aristide, và với lấy cây súng để bắn bà ta, nhưng Aristide lại nhanh hơn. Stoke ngã gục và số phận cuối cùng của cô không được tiết lộ. Ngay sau đó, Alma xuất hiện và thổi tung Aristide về phía cỗ máy, khiến bà có thể tiếp cận bảng điều khiển và khóa buồng giam lại. Alma lúc này hoàn toàn không chú ý đến bà ta mà chỉ tập trung vào Becket, đưa anh vào ảo giác khác, buộc anh phải chiến đấu với một Sergeant Keegan hóa điên, trong lúc đang cố gắng kích hoạt máy khuếch đại và hủy diệt Alma.
Khi Becket đối đầu với Keegan, trận chiến liên tục bị ngắt quãng với những hình ảnh Alma đang ... làm tình với anh. Cuối cùng, sau khi kích hoạt công tác cuối, Becket thoát khỏi ảo ảnh và phát hiện ra bản thân mình đang ở bên trong thiết bị. Thiết bị đã bị mở niêm phong từ bên ngoài bởi Alma, cô bước đến chỗ Becket và cho anh thấy cô đã có thai, kết quả từ việc cưỡng bức Becket trong khi anh đối đầu với ảo ảnh của Keegan. Alma nắm lấy tay Becket và đặt nó lên bụng cô, ngụ ý rằng đứa trẻ là của anh. Game kết thúc với hình ảnh Becket nghe thấy tiếng đứa trẻ thì thầm "mẹ" từ bên trong tử cung của Alma.
Nguồn: Tổng hợp