Chạy trốn khỏi dân làng man rợ, Leon và Ashley lại dấn sâu hơn với nguồn gốc của giáo phái và loại kí sinh trùng mới trong một bí mật nguy hại thế giới lớn hơn rất nhiều so với mọi người nghĩ.
Tóm tắt cốt truyện Resident Evil 4 (Phần 3)
Vừa chạy trốn khỏi dân làng vào khu lâu đài kì lạ, Leon và Ashley nhận ra mình lại vào ngay chính sào huyệt của giáo phái Los Illuminados khi hàng loạt những thành viên mặc áo choàng đỏ xuất hiện và dùng đủ loại vũ khí để xóa sổ cả hai. May mắn chạy thoát được vào bên trong, hai người gặp lại Luis cũng đang trốn trong đây và biết rằng Luis đã tìm ra thuốc giải kí sinh trong người, tuy nhiên lại làm rơi mất đâu đó và phải chạy đi tìm lại…Leon cũng gọi điện nhờ tổng đài hướng dẫn thêm về đường thoát, tuy nhiên sóng liên lạc cũng bị ngắt ngang mất tín hiệu.
Đi sâu hơn vào trong lâu đài, Ramon Salazar – chủ nhân của lâu đài và cũng là người hợp tác chung với Lord Saddler chính thức ra mặt, yêu cầu Leon đưa Ashley cho hắn, nếu không cả hai sẽ chết tại đây. Dĩ nhiên, Leon không đồng ý và tìm đường khác chạy trốn khỏi đoàn quân của Ramon. Sau khi thoát khỏi những sinh vật thí nghiệm bị nhốt dưới nhà tù trong lâu đài, Ashley bắt đầu ho ra máu và có những triệu chứng bị ảnh hưởng bởi kí sinh trùng phát triển bên trong cô. Cô bé hoảng loạn đẩy Leon đi và chạy về phía trước, bất ngờ kích hoạt bẫy bên trong hành lang tách cô và Leon khỏi nhau và (ngu ngốc) tự lăn vào một cái bẫy khác trên tường và bị bắt đi.
Bất lực và bó tay trước cảnh tượng đó, Leon tìm đường khác để theo dấu Ashley thì đụng độ một loại quái vật mới mang tên Novistador (Kẻ vô hình) trong khu cống ngầm và gần phòng thí nghiệm ẩn bên trong lâu đài này. Tại đây, Leon cũng tìm được một số ghi chú nghiên cứu từ Luis về cách Las Plagas (tên của loại kí sinh trùng lây nhiễm ở đây) hoạt động. Theo đó, Las Plagas sau khi phát triển đủ lớn trong cơ thể có thể điều khiển hành động và suy nghĩ của vật chủ nhằm mục tiêu lây nhiễm cho một vật chủ khỏe mạnh khác.
Leon còn phát hiện ra thêm về lịch sử của nhà Salazar, Las Plagas và Los Illuminados qua các ghi chép của Ramon Salazar. Theo đó, dòng họ Salazar đời đầu đã tước quyền lực và sức mạnh của giáo phái này, đồng thời nhốt loại vũ khí Las Plagas này sâu bên trong lòng lâu đài. Đến đời thứ 8, là chủ nhân của gia tộc – Ramon quyết định phục hồi nguyên vẹn Los Illuminados cùng Lord Saddler và thả Las Plagas ra để thanh tẩy thế giới mới.
Sau khi đẩy lùi các cận vệ và các loại chó biến dị trong khu vườn của lâu đài, Leon bất ngờ bị dí súng sau lưng bởi một bóng hồng áo đỏ quen thuộc nhưng kịp phản đòn và khống chế Ada Wong. Cô xác nhận hiện đang làm việc cho Wesker khi bị Leon tra hỏi, tuy nhiên lại nhanh chóng thả flashbang và lộn nhào trốn đi trước khi Leon kịp hỏi thêm thông tin.
Tìm kiếm thêm trong căn phòng, Leon phát hiện ra một bảng báo cáo cho rằng Ada đã làm việc chung với Luis và hiện đang giữ một mẫu thí nghiệm rất quan trọngđối với giáo phái này. Về phía Ada, Wesker liên lạc với cô và giao mệnh lệnh mới bao gồm thu giữ mẫu thí nghiệm quan trọng và diệt khẩu Leon – nhưng Ada đánh lạc hướng bằng việc Leon chỉ là vật cản nhỏ không đáng chú ý, gạt bỏ Wesker qua một bên. Dự tính thật sự của Ada là bảo vệ Leon từ xa, một phần do có tình cảm với Leon và phần khác là lợi dụng anh để đạt được thứ mà cô muốn.
Leon tiếp tục đi tìm Ashley và Luis cuối cùng cũng đuổi theo kịp, cho biết rằng anh đã tìm được thuốc giải nhưng bất ngờ bị đâm ngay sau lưng bởi xúc tu khổng lồ của Saddler. Hắn chụp lấy mẫu thử nghiệm và ném xác Luis lại cho Leon. Trước khi chết, Luis nói rằng anh là một nhà nghiên cứu được Saddler thuê để phát triển Las Plagas và Leon phải lấy lại mẫu thí nghiệm đó bằng mọi cách.
Nghe tiếng cầu cứu của Ashley, Leon chạy đến để giải cứu cô. Trong lúc đó, Ashley cũng thoát được khỏi chiếc bẫy trên tường và bị vây bắt bởi quân lính của Salazar. Dù không có vũ khí, Ashley vẫn tìm đường chạy thoát khỏi nguy hiểm và gặp lại Leon. Cả hai tiếp tục tìm đường qua nhiều cạm bẫy và hệ thống giải đố kì lạ của lâu đài để di chuyển tiếp. Trên đường đi, một con quái vật tàng hình (Novistador) tấn công bất ngờ và bắt Ashley bay lên trời khiến Leon không trở tay kịp.
Leon chạy thẳng trên tầng cao nhất và đụng độ Ramon Salazar và sập bẫy của hắn, tuy nhiên vẫn kịp bắn dây móc và phản công đuổi theo. Ramon tức giận gửi Ashley đi giấu, đồng thời gửi “cánh tay phải” của hắn để giải quyết Leon. Cánh tay phải mang tên Verdugo (Tên đồ tể) chiến đấu với Leon trong hệ thống cống ngầm, dĩ nhiên súng ống vẫn chiến thắng sinh vật biến dị này.
Thất bại nối tiếp thất bại, Saddler quyết định cử Jack Krauser – một người bạn cũ ngangcủa Leon để đảm nhận việc bắt giữ Ashley cho buổi hiến tế sắp tới và giết Leon.