Là một trong những sự kiện khởi đầu cho đại dịch đầu tiên bên trong tổ chức Umbrella, Rebecca Chambers rơi vào một cơn ác mộng trên đoàn toàn xấu số đầy rẫy zombie và quái vật khi cô phải bất đắc dĩ tìm kiếm sự thật để có thể giải thoát cho bản thân.
Tóm tắt cốt truyện Resident Evil Zero
Vào ngày 23/07/1998, chuyến tàu sang trọng Ecliptic Express sở hữu bởi công ty Umbrella bất ngờ bị tấn công trong đêm bởi một nhân vật bí ẩn với khả năng thả cả đàn đĩa biến dị khổng lồ và quét sạch cả đàn tàu mất hết tín hiệu. 2 giờ sau, đội Bravo của tổ chức STAR (Special Tactics and Rescue) cũng đang trên đường đến khu vực này để điều tra về những cái chết bí ẩn bên ngoài thành phố Raccoon.
Bất ngờ, chiếc trực thăng chở đội Bravo gặp lỗi mất động cơ và buộc phải hạ cánh khẩn cấp (rơi tự do). Trong khi không có ai bị thương nặng, Bravo Team phát hiện ra một chiếc xe tải chở tù nhân của đội cảnh sát gặp tai nạn gần đó và tất cả mọi người đều đã chết. Theo điều tra hồ sơ trên xe, đội cảnh sát này đang áp tải Billy Coen - một cựu trung uý bị xử tử hình về tội giết 23 người. Cho rằng Billy đã giết mọi người và trốn thoát, cả đội tản ra dể truy tìm tên tù vượt ngục này.
Nhân vật chính của chúng ta - Rebecca Chambers đang tìm đường xung quanh khu vực này thì bất ngờ gặp một toa tàu lửa đang dừng giữa đường. Tối tăm và đáng nghi ngờ, Rebecca cẩn thận vào kiểm tra toa tàu khi trời bắt đầu đổ mưa bên ngoài. Sau một lúc thám thính, Rebecca bất ngờ phát hiện ra tất cả hành khách trên toa tàu đã thối rữa từ trước và bắt đầu sống dậy tấn công mình. Sau một hồi chiến đấu, Rebecca tìm thông tin xung quanh và biết rằng những người trên tàu đang thực hiện nhiệm vụ kiểm tra phòng thí nghiệm và các thí nghiệm bỏ hoang ở một trung tâm sâu bên trong khu núi Arklay.
Bất ngờ thay, Billy Coen xuất hiện phía sau lưng Rebecca và chĩa súng đe dọa cô, nhưng sau đó lại bỏ đi và cho rằng Rebecca không phải là mối nguy hiểm đối với anh. Khi vẫn chưa hiểu chuyện gì đang xảy ra, một đồng đội của Rebecca xong thẳng qua cửa kính của toa tàu để chạy trốn thứ gì đó, và thông báo cho Rebecca rắng trong rừng đang có rất nhiều Zombie, quái vật trước khi trút hơi thở cuối cùng. Theo sau chân anh, hàng loạt những con chó săn biến dị cũng lao vào toa tàu, đối mặt với Rebecca thêm lần nữa...
Khi sống sót khỏi đàn chó săn, Rebecca tiếp tục tìm thêm manh mối trên đoàn tàu bí ẩn này và lại đụng độ với Billy. Vẫn còn dè chừng với tên tử tù nguy hiểm này, Rebecca liền từ chối lời đề nghị hợp tác để cùng nhau sống sót và tìm thêm manh mối tại đây. Billy chỉ bỏ đi nhưng vẫn giữ lời đề nghị của mình với cô lính bé nhỏ.
Vừa mới rời khỏi Billy, Rebecca tiến vào một toa tàu tối với một người đàn ông bí ẩn trong đó và quay sang tấn công cô. Khi vừa bắn một viên đạn vào đầu, xác sống này tan chảy ra và biến thành nhiều con đĩa biến dị nhanh chóng lao thẳng vào Rebecca và gần nuốt chửng cô. May máy thay, Billy xuất hiện kịp thời và bắn văng các con đĩa trên người của Rebbeca, cứu mạng cô ngay tại đó. Theo dấu lùi bước của các con đĩa, cả hai phát hiện một bóng người đàn ông đang đứng ở phía xa quan sát đoàn tàu và hút những con đĩa này vào cơ thể của mình.
Chưa kịp hoàn hồn, đoàn tàu bắt đầu di chuyển trở lại khiến cả hai không còn lựa chọn nào khác ngoài tiếp tục điều tra. Rebecca cuối cùng cũng chấp nhận hợp tác với Billy để cùng sống sót và tìm hiểu về ai đang lái đoàn tàu này, cũng như người đàn ông bí ẩn kia là ai. Cả hai tiếp tục đi về hướng đầu tàu để tìm câu trả lời cho mình.