Tiếp nối với Resident Evil 3, game thủ sẽ phải đối mặt với một hiểm họa lớn chưa từng có tại thành phố Raccoon đầy rẫy zombie và một vũ khí sinh học có thể tự tiến hóa khác mang tên Nemesis.
Tóm tắt cốt truyện Resident Evil 3
Sâu bên trong khu thí nghiệm dưới lòng đất, tập đoàn Umbrella vẫn đang tiếp tục nghiên cứu thêm một vũ khí sinh học mới mang tên Dự án Nemesis. Nếu bạn chưa biết, Umbrella là một tập đoàn dược phẩm toàn cầu lớn nhất thế giới chuyên thực hiện các thí nghiệm bí mật để chế tạo các loại vũ khí sinh học, tiêu biểu nhất là Virus T đã bị lan truyền ra khắp thành phố Raccoon, biến người dân bị nhiễm trở thành các xác sống tấn công mọi người.
Khác với Virus T, dự án Nemesis là một trong các thử nghiệm mẫu Tyrant mới bằng cách sử dụng một kí sinh trùng sống thay vì virus yếu hơn, khiến Nemesis có thể thay đổi hình dạng và tiến hóa tùy theo điều kiện môi trường và hoàn cảnh sinh tồn. Với mục tiêu bán dự án này cho quân đội, Umbrella quyết định cho Nemesis đi “thực chiến” với mục tiêu duy nhất là Jill Valentine – một trong những thành viên cuối cùng của tổ chức STARS (Dịch vụ chiến đấu và giải cứu đặc biệt). Các thành viên STARS đều có liên hệ đến với sự kiện tòa biệt thự tại núi Arklay trong RE 1, và Umbrella cần giết người diệt khẩu để không ai biết được các thí nghiệm zombie này.
Sau sự kiện đó, đội cảnh sát TP.Raccoon đã quyết định giải thể STARS vì lý do nào đó, khiến Jill Valentine quyết định tự lập phòng thám tử tư nhằm tiếp tục điều tra thêm manh mối và đưa tập đoàn Umbrella ra ánh sáng. Jill tỉnh giấc sau khi gặp ác mộng rằng mình sẽ sớm trở thành zombie như mọi người sau đợt đụng độ đầu tiên với T-virus vài tháng trước. Cô bất ngờ nhận được một cuộc gọi từ Brad Vickers, một thành viên khác trong STARS vẫn còn sống sót và bảo cô phải rời khỏi nhà ngay lập tức mà không có lý do. Jill chần chừ nhưng vẫn chuẩn bị đi ngay, nhưng một tên quái vật khổng lồ tông thẳng vào phòng của cô, và không đâu khác mà chính là tên Nemesis.
Sau một hồi rượt đuổi trong căn chung cư nhỏ, Jill tìm đường ra ngoài phố và gặp được Brad. Cả hai cố gắng chạy trốn khỏi hàng chục zombie đang trên đường và trú ẩn vào một quán bar nhỏ, tuy nhiên Brad đã bị cắn và quyết định hi sinh giữ cửa cho Jill chạy thoát thân.
Jill tìm đường trốn thoát lên một khu bãi giữ xe ở tầng thượng để ra hiệu cho trực thăng đến cứu mình, không may thay tên Nemesis xuất hiện và quật văng trực thăng nổ tung. Không còn lựa chọn nào khác, Jill leo vào một chiếc xe và tông thẳng vào Nemesis, cùng hắn lao khỏi tòa nhà và rơi xuống đất.
Bị thương nặng sau cú rơi này, Jill bất lực khi thấy tên Nemesis vẫn nguyên vẹn bước đến phía cô. Tuy nhiên, trước khi Nemesis đến tới cô, một người lính – Carlos Oliviero với khẩu súng tên lửa tạm thời hạ gục Nemesis. Carlos và Jill chạy trốn vào khu tàu điện ngầm bỏ hoang và tập trung lại với nhóm của anh.
Tại đây, Jill mới biết Carlos và đội lính đánh thuê này đều có ý định tốt, dù cho họ cũng do Umbrella sử dụng cho các chiến dịch giải cứu người dân và tạo tiếng đồn tốt cho hình ảnh của công ty. Với chiến dịch giải cứu càng nhiều người càng tốt, đội trưởng Makhail Victor nhờ Jill giúp họ giải quyết một số vấn đề để có thể đưa người sống sót và cô ra khỏi thành phố an toàn.
Jill chấp nhận lời đề nghị và lao ra đường phố đầy zombie, tiếp tục cuộc hành trình nguy hiểm của mình.