Tiếp nối với Daggerfall, phần game thứ ba trong seri The Elder Scrolls mang người chơi đến với hòn đảo Vvardenfell, nơi xảy ra cuộc xung đột giữa The Tribunal và Thần Dagoth Ur
Xem thêm:
Cốt truyện The Elder Scrolls: Arena - Cuộc đảo chính tại Vương quốc Tamriel
Cốt truyện The Elder Scrolls II: Daggerfall - Cuộc hành trình ở Daggerfall
Sau những thành công của Daggerfall, Bethesda bắt tay vào thực hiện phần tiếp theo với tên gọi The Elder Scrolls III: Morrowind và ra mắt vào năm 2002. Mặc dù chủ đạo là tựa game giả tưởng, với nhiều yếu tố gameplay và những câu chuyện giả tưởng Trung cổ phương Tây được lấy cảm hứng từ Dungeons & Dragons và nhiều tựa game nhập vai trước đây, game còn bao gồm vài yếu tố tương lai thông qua hình ảnh của Dwemer Ruins, và lấy nhiều cảm hứng từ nghệ thuật, kiến trúc và văn hóa của Trung Đông với Đông Á. Với lối chơi mở ít nhấn mạnh vào cốt truyện chính hơn những bản tiền nhiệm, Morrowind lấy bối cảnh trên hòn đảo Vvardenfell nằm ở quận Dunmer của Morrowind, một phần của lục địa Tamriel.
Cốt truyện chính của Morrowind xoay quanh cuộc xung đột giữa The Tribunal, một bộ ba thực thể có sức mạnh của thần đang thống trị Morrowind, và cựu đồng minh của họ, vị thần Dagoth Ur cùng Sixth House của ông - Một nhóm các tín đồ trải dài từ Red Mountain, ngọn núi lửa trung tâm của hòn đảo Vvardenfell. Dagoth Ur đã sử dụng Trái tim của Lorkhan, một cổ vật chứa đựng sức mạnh to lớn, để biến bản thân thành bất tử, và giờ đây tìm cách đánh đuổi những kẻ chiếm lấy Imperial Legion từ Morrowind thông qua mạng lưới gián điệp của ông ta, cùng với Akulakhan, một golem cơ khí khổng lồ nhận được sức mạnh từ trái tim Lorkhan. Sau một cơn bão và một giấc mơ kì lạ, nhân vật chính xuất phát từ thị trấn Seyda Neen, vừa đặt chân xuống thuyền từ một nhà tù đại lục, và được giải thoát bởi người đứng sau người trị vì hiện tại của Đế chế Tamrielic, Hoàng đế Uriel Septim VII.
Người chơi được giao nhiệm vụ gặp Caius Cosades, một thành viên của Blades, nhóm điệp viên và đặc vụ làm việc cho Hoàng đế và Vương triều Tamriel. Cosades cho người chơi gia nhập Blades theo lệnh của Hoàng đế, và giao cho người chơi một loạt nhiệm vụ khác nhau để khám phá sự biến mất bí ẩn và những phát hiện mà người dân Vvardenfell đã trải qua, đặc biệt là Sixth House và những lời tiên tri của Ashlander về Nerevarine.
Về sau, người chơi phát hiện ra tất cả những gì đang diễn ra, bao gồm việc được ra khỏi tù và gia nhập Blades, đều do sự nghi ngờ của Hoàng đế khi cho rằng người chơi có thể là Nerevarine - Một tái sinh của người hùng Dunmer huyền thoại Indoril Nerevar - hoặc ít nhất là ai đó có thể làm một kẻ giả mạo đầy thuyết phục cho một mưu đồ chính trị. Người chơi được giao nhiệm vụ vén màng những lời tiên tri liên quan đến Nerevarine, và hoàn thành chúng để có thể đánh bai Dagoth Ur cùng với giáo phái Sixth House của ông ta.
Những lời tiên tri đến từ các Ashlander, những người Dunmer du mục sinh sống ở Ashlands, cho rằng hóa thân của Nerevar sẽ hoàn thành 7 lời tiên tri. Hai lời tiên tri đầu tiên là Nerevarine sẽ sinh ra vào một ngày cụ thể, nhưng không rõ ai là cha mẹ, và sẽ miễn nhiễm trước bệnh dịch Corpus, một dịch bệnh được tạo ra bởi Dagoth Ur. Người chơi vốn đã hoàn thành lời tiên tri đầu, do đó được chọn cho nhiệm vụ này. Người chơi cũng trở nên miễn nhiễm với Corpus bằng việc chống lại nó, và sống sót trong một thí nghiệm tìm ra thuốc giải.
Hoàn thành hai lời tiên tri này, người chơi tìm cách hoàn thành lời tiên tri thứ ba, một bài kiểm tra tìm kiếm Moon-and_Star (Hay còn gọi là One-Clan-Under-Moon-And-Star), chiếc nhẫn biểu tượng ban đầu được đeo bởi Nerevar, có sức mạnh giết chết bất kì ai ngay lập tức trừ chính bản thân ông ta. Sau khi tìm và đeo chiếc nhẫn, người chơi nhận được hình ảnh từ Azura, hoàng tử cổ Daedric cổ đại của Bình Minh và Hoàng Hôn, người xác nhận rằng người chơi chính là hóa thân của Nerevar.
Lúc này, người chơi hoàn thành hai thử thách thứ 4 và thứ 5, hợp nhất các Great House của Dunmer và các Ashlander của Vvardenfell. Sau khi được ủng hộ và được từng Great House gọi là "Hortator", toàn bộ các bộ tộc du mục Ashlander gọi là "Nerevarine", người chơi chính thức được gọi là "Nerevarine" (dù hơi miễn cưỡng) bởi Tribunal Temple, một người thường tấn công bất kì ai dám khẳng định mình là Nerevarine, và tuyên bố tử hình những kẻ đó.
Nerevarine được mời đến dinh thư của Vua thơ ca Vivec, một trong ba vị thần hình thành nên tôn giáo của Morrowind, còn được gọi là Tribunal, để thảo luận về việc tấn công pháo đài của Dagoth Ur nằm bên trong trái tim của Red Moutain. Vua Vivec tặng cho Nerevarine chiếc găng tay "Wraithguard", một bảo vật cổ xưa của tộc Dwemer, cho phép người đeo nó sử dụng các công cụ Sunder và Keening. Những vũ khí cổ đại này được tạo ra bởi Dwemer để khai thác sức mạnh của Trái tim Lorkhan, được tìm thấy bên dưới Red Mountain.
Đây là những công cụ đã được cả Tribunal và Dagoth Ur dùng để đạt trạng thái hóa thần của mình, nhưng đồng thời chúng cũng có thể phá hủy Trái tim Lorkhan, nhưng không trang bị Wraithguard, chúng sẽ gây ra một đòn chí mạng cho bất kì ai cầm chúng. Nerevarine bước chân vào thủ đô của Dagoth Ur bên trong Red Mountain. Sau khi nói chuyện với Dagoth Ur, kẻ đang cố gắng dụ dỗ người chơi về phe mình với lời khẳng định rằng ông ta chỉ đơn thuần là làm theo những mệnh lệnh cuối cùng của Nerevar, và hai người chiến đấu với nhau.
Sau khi đánh bại Dagoth Ur, Nerevarine sớm phát hiện ra Trái tim Lorkhan vẫn còn nguyên, Dagoth Ur vẫn bất tử và ông ta sớm trở về từ cõi chết. Tìm đường vào bên trong tâm ngọn núi, Nerevarine tìm thấy Trái tim Lorkhan và phá hủy nó, khiến Dagoth Ur mất đi sức mạnh và cuối cùng giết chết ông ta. Akulakhan's Chamber, nơi yên nghỉ của Trái tim Lorkhan, đã bị phá hủy khi hang động sập xuống, kéo theo đó là Red Mountain và The Sixth House. Sau khi thoát ra khỏi đó, Nerevarine được khen ngợi bởi Azura, người đến để thưởng cho những nỗ lực của người chơi trong việc hoàn thành lời tiên tri.