The New Mutants là bộ phim X-Men cuối cùng của hãng Fox trước khi thương hiệu này về tay Disney, và nó đã một lần nữa làm cho dòng thời gian vũ trụ điện ảnh X-Men rối loạn
Thương hiệu điện ảnh X-Men của 20th Century Fox đã khép lại với việc ra mắt The New Mutants - và dường như nó sẽ không thể tự gọi mình là một bộ phim X-Men nếu nó không khiến cho dòng thời gian thêm rối loạn. Mặc dù chủ yếu đóng vai trò là một cốt truyện độc lập, mà trong đó các X-Men chỉ được nhắc tới, điều bất ngờ đã xảy ra trong một đoạn clip được trích từ bộ phim Logan năm 2017 của James Mangold, qua đó xuất hiện một vài câu hỏi lớn về thời điểm diễn ra các sự kiện trong The New Mutants.
Nhắc đến X-Men, vốn là một thương hiệu đã hình thành từ trước khi Vũ trụ Điện ảnh Marvel xuất hiện và tạo ra những vũ trụ điện ảnh có tính liên tục nhất quán, người ta sẽ không thể quên được sự rối loạn trong dòng thời gian của thương hiệu. Trong bối cảnh của bộ phim X-Men: The Last Stand được quảng bá rộng rãi và phần tiền truyện spin-off bị phê bình tương ứng là X-Men Origins: Wolverine, thương hiệu này đã được tái khởi động nhẹ thông qua bộ phim X-Men: The First Class của Matthew Vaughn, lấy bối cảnh thập niên 1960 và khai thác nguồn gốc của các X-Men, cũng như mối quan hệ thù địch lâu dài giữa Giáo sư X và Magneto.
Phần tiếp theo, X-Men: Days of Future Past đã nỗ lực dung hòa bộ ba X-Men đầu tiên với chuỗi phim tái khởi động - nhưng rốt cục chỉ khiến cho tính liên tục càng thêm rối. Cho đến thời điểm hiện tại, phần lớn những người hâm mộ X-Men đã chấp nhận mối quan hệ của các bộ phim với thời gian và tính liên tục sẽ luôn là một mớ hỗn loạn. Trong những bộ phim tiền truyện, các nhân vật đã già đi nhiều thế kỷ với rất ít sự thay đổi về tạo hình, và có nhiều phiên bản xung đột của các nhân vật như Angel và Emma Frost. Logan là bộ phim được cố tình tách riêng ra khỏi phần còn lại của chuỗi phim X-Men (Dù được thiết lập bối cảnh trong phân đoạn post-credit của X-Men: Apocalypse) và tồn tại trong một bong bóng riêng của nó.
Nhưng với sự xuất hiện của The New Mutants và đoạn clip trong Logan được tái hiện, có vẻ như hai bộ phim lấy bối cảnh cùng thời gian và được kết nối với nhau. The New Mutants diễn ra ở bệnh viện Milbury, một cơ sở nuôi dưỡng các dị nhân trẻ với siêu năng lực mới bộc phát và họ chưa thể kiểm soát nó. Cuối cùng họ phát hiện ra quá trình trị liệu của mình thực chất là để biến họ thành những "vũ khí dị nhân" dưới quyền kiểm soát của Essex Corporation, một tập đoàn ma quỷ thuộc quyền sở hữu của kẻ phản diện nổi tiếng trong truyện tranh X-Men, Mr. Sinister. Khi đang trải qua một quá trình kiểm tra, Danielle Moonstar đã nhìn thấy hình ảnh một cơ sở dị nhân khác của Essex Corp - Cơ sở Transigen ở Mexico, nơi mà Laura/X-23 đã được tạo ra.
Viễn cảnh này bao gồm những hình ảnh từ trong phim Logan của các dị nhân trẻ đang được thí nghiệm và huấn luyện để sử dụng siêu năng lực trong thực hiện. Và đây là điểm khiến cho dòng thời gian X-Men rối loạn lần nữa. Logan được lấy bối cảnh vào năm 2029, trong thế giới mà Giáo sư X đã vô tình quét sạch gần như toàn bộ các thành viên của biệt đội X-Men một năm trước đó. Đạo diễn của The New Mutants, Josh Boone từng nói bộ phim của ông diễn ra ở thời hiện đại, và một cuộc thảo luận giữa các dị nhân trong phim xác nhận rằng X-Men vẫn đang hoạt động. Moonstar có rất nhiều sức mạnh trong truyện tranh, nhưng chẳng có sức mạnh nào giúp cô nhìn thấy tương lai; cô nhìn thấy được cơ sở Transigen nhờ vào những hình ảnh trong tâm trí của tiến sĩ Reyes.
Vậy làm thế nào những hình ảnh của một bộ phim lấy bối cảnh một thập kỷ sau đó trong tương lai lại xuất hiện trong tâm trí của tiến sĩ Reyes? Tại phim trường của The New Mutants, đạo diễn Boone từng cho biết bộ phim sẽ có "những thứ mà người hâm mộ thực sự hào hứng, sẽ có những hệ quả trong các bộ phim khác và các phần khác của thế giới X-Men." Có vẻ như ban đầu ông dự định làm ra một bộ ba phim New Mutants để cuối cùng kết thúc với chương chính của X-Men, nên đã có một kế hoạch nhằm giải thích mối liên hệ với Logan. Nhưng khi mà kỷ nguyên X-Men của hãng Fox buộc phải kết thúc đột ngột, The New Mutants lại vô tình trở thành sự rối loạn sau cùng với dòng thời gian X-Men.