Trong lúc Trái Đất bị tấn công và chịu nhiều thiệt hại nặng nề, Shujinko vẫn đang thu thập các Kamidogu, mà không ngờ rằng mình đang giúp cho Vua rồng Onaga hồi sinh
Xem thêm:
Cách đây khá lâu, trước khi giải đấu Mortal Kombat quyết định vận mệnh của Earthrealm diễn ra, người chiến binh tiềm năng Shujinko đã bắt đầu hành trình thu thập các món vũ khí cổ đại của những Elder God có tên gọi là Kamidogu. Tuy mất khá nhiều thời gian, cuối cùng Shujinko đã thu thập được Kamidogu thứ sáu và cũng là cuối cùng trên Edenia.
Ông đặt nó vào điện thờ ở Nexus với 5 Kamidogu còn lại, nhờ đó mà quả trứng giam cầm Onaga đã nở ra, giúp Vua Rồng trở lại hình thái ban đầu bằng cách hợp thể với một ninja mang tên Reptile. Trong khi đó ở Nexus, Shujinko bắt đầu tự hỏi vì sao 6 Kamidogu không được dịch chuyển đến các Elder God như ông được nghe nói.
Lúc này, Onaga xuất hiện trước mặt ông, hé lộ ra hắn chính là kẻ đã giả mạo Damashi, với kế hoạch chiếm lấy quyền kiểm soát toàn bộ một khi giành được mặt dây chuyện của Shinnok. Shujinko thoát thân về Earthrealm thông qua một cánh cổng dịch chuyển, và không ngừng tự trách bản thân vì tất cả những sự kiện diễn ra sau khi ông trở về.
Trong khi đó, Raiden (Với xác của những đồng minh đang nằm trước cửa Cung điện của Shang Tsung) quyết định đối mặt với Deadly Alliance một mình. Mặc dù đã cố gắng duy trì được một lúc, cuối cùng anh vẫn bị đánh bại bởi sức mạnh kết hợp của chúng. Với chiến thắng trong tay, Shang Tsung và Quan Chi nhanh chóng trở mặt nhau để chiếm lấy toàn bộ sức mạnh cho bản thân, mà lý do chính là vì Tsung muốn giành lấy mặt dây chuyền của Quan Chi.
Quan Chi giành thắng lợi, nhưng chiến thắng của hắn vô cùng ngắn ngủi, khi Onaga trở lại Outworld và tìm cách lấy lại mặt dây chuyện của Shinnok. Quan Chi đã tìm cách ngăn cản hắn, cùng với sự hỗ trợ của Shang Tsung và Raiden, tạo nên một liên minh kì lạ để chống lại mối đe dọa lớn hơn. Mặc dù thành công ban đầu, nhưng Vua Rồng nhanh chóng giành lại ưu thế.
Nhận ra không thể đánh bại Onaga dù có kết hợp sức mạnh, Raiden giải phóng toàn bộ năng lượng thần thánh của mình, tạo nên một vụ nổ lớn, phá hủy ngôi đền và những gì xung quanh, đồng thời hi sinh bản thân. Đáng tiếc rằng sự hi sinh này đã trở thành vô ích, khi nó gần như không tác động gì đến Kẻ thống trị cũ của Outworld, khi hắn sở hữu mặt dây chuyền của Shinnok.
Một thời gian sau đó, bản thể của Raiden, nay đã bị tha hóa sau cuộc đối đầu với Onaga và bị lây nhiễm ma thuật hắc ám, đã tập hợp lại một lần nữa ở Earthrealm. Anh phẫn nộ trước những gì cư dân của Earthrealm đối xử với nơi họ sống, hầu như luôn coi sự bảo hộ của họ là được nhiên. Anh thậm chí còn tức giận hơn nữa khi biết rằng Shujinko đã bị lừa để giúp cho Vua Rồng hồi sinh, bằng cách thu thập các Kamidogu của những cõi khác nhau.
Không còn kiên nhẫn, Raiden quyết định sẽ trừng phạt những ai đã khiến Earthrealm rơi vào tình thế nguy hiểm, bao gồm cả việc ra tay tàn bạo với những kẻ đe dọa đến nơi này, bắt đầu từ Shujinko vì những sai lầm của ông ta, nhưng Shujinko đã kịp trốn thoát. Raiden sau đó chuyển hướng chú ý sang xác của Liu Kang.
Sau khi quật mộ của Liu Kang, Raiden mang xác của anh ta đến một ngôi đền dưới lòng đất, thuộc về một giáo phái những thuật giả cổ xưa được gọi là Houan, những kẻ đã bị anh tiêu diệt hàng thế kỷ trước không lâu sau cầm tù Shinnok. Ràng buộc cơ thể của Kang với những xiềng xích mê hoặc mà Houn từng dùng để điều khiển các xác chết được hồi sinh của chúng, Raiden đọc những lời niệm chú được khắc trên tường của ngôi đền, truyền cho nó một tia sét và hồi sinh bạn của anh. Xác của Liu Kang trở thành người thực thi ý chí của Raiden, và anh ta đã gửi nó đi thực hiện nhiệm vụ tiêu diệt những kẻ mà anh tin rằng đã gây hại đến Earthrealm.
Trong khi đó, Onaga hồi sinh những chiến binh Trái Đất đã tử nạn để dùng làm quân cờ của mình, và liên minh với binh đoàn Tarkatan nhằm ngăn không cho quân đội của Edenia can thiệp kế hoạch của mình, trong lúc hắn tìm kiếm những phép thuật cho phép hắn kết hợp các Kamidogu với nhau và sở hữu sức mạnh cực đại. Nhưng ngay khi hắn định làm vậy, Shujinko đã tập hợp những chiến binh còn lại nhằm đối đầu với Onaga, trong giây lát đã hấp thu sức mạnh chiến đấu của tất cả. Được trao cho sức mạnh vượt qua những gì Vua Rồng tưởng tượng, Shujinko phá vỡ từng Kamidogu, cội nguồn sự bất tử của Onaga.
Bị suy yếu và bị đánh bại, Onaga tìm cách rút lui, để rồi biến mất trong không trung. Hóa ra, Nightwolf đã hấp thu toàn bộ các tội lỗi và du hành sâu bên trong bản thân Netherrealm. Sử dụng một phương pháp được truyền lại bởi tổ tiên có tên gọi "Sin Eater", Nightwolf vẽ một biểu tượng trói buộc trên mặt đất, niệm những từ cổ xưa nhầm thu hút linh hồn của Vua Rồng.
Khi Onaga xuất hiện trước mặt anh ta, biết rằng anh ta đã mang gánh nặng đủ lâu, Nightwolf giải phóng toàn bộ tội lỗi của dân tộc mình vào biểu tượng thần bị, và sức nặng của chúng trói buộc Onaga với Netherrealm, qua đó giải phóng Earthrealm khỏi sự tha hóa suốt thời gian qua.
Xem thêm: Cốt truyện Mortal Kombat Phần 8: Đoạn kết của lời tiên tri Armageddon