Silent Hill: Origins chính là nơi mà những sự kiện đáng sợ trong cốt truyện của thương hiệu Silent Hill chính thức bắt đầu
Trong phần đầu thì chúng ta cũng biết được rằng Travis đã được gợi ý để đến với Riverside Motel để tiếp tục tìm hiểu về những bí mật tại Silent Hill. Khi anh vừa đặt chân đến nơi đây thì Travis đã tiếp tục chạm tránh với những con quái vật mới, cũng như liên tục bị dịch chuyển nhiều lần từ Fog Wolrd sang Otherworld.
Cũng trong những lần dịch chuyển này thì anh cũng đã phải chạm trán với Butcher và con quái vật này cũng đã bị Travis hạ gục bằng chính con dao khổng lồ của nó. Trên con đường của mình thì Travis đã bắt gặp Michael và y tá Lisa đang ở trong một căn phòng đầy "mai thúy" mà chính Micheal là người phân phối nó.
Lisa thì nhanh chóng bỏ đi, còn Micheal dằn mặt Travis và lén khóa lại lối thoát trước khi bỏ đi. Travis lúc này đã phải sử dụng chiếc gương trong nhà tắm để có thể thoát được ra ngoài, đồng thời anh cũng đã tìm ra được chìa khóa của một căn phòng nhà nghỉ mà anh đã từng ở với bố mình nhiều năm trước.
Sau khi đến được căn phòng 500 thì Travis đã nhớ lại rằng bố của mình, ông Richard đã từng treo cổ tự tử tại nơi này. Lúc bước vào thì anh đã thấy được ông Richard đang treo lủng lẳng ở giữa căn phòng, đồng thời ông cũng đã bất ngờ cất tiếng nói với Travis rằng “cần dũng cảm đối mặt với những gì từng xảy ra”.
Richard sau đó đã nhanh chóng biến thành một con quái vật Sad Daddy và buộc Travis phải hạ tục được ông để có thể lấy được mảnh Flauros tiếp theo. Alessa lúc này đã lại một lần nữa xuất hiện khiến cho Travis bất tỉnh và khi tỉnh dậy thì anh đã thấy bản thân đang ở trong hầm của bệnh viện để rồi tìm được mảnh chính giữa của Flauros, từ đó sắp xếp chúng lại để trở thành một tấm bùa hoàn chỉnh.
Sau khi ra khỏi bệnh viện thì Travis đã bất ngờ gặp phải Dahlia, bà ta đã tức giạn và buông lời chửi rủa Travis vì đã giải phóng cho lình hồn của Alessa (thực tế linh hồn Alessa luôn thao túng tâm trí để Travis làm theo lệnh của mình ngay từ đầu game). Khi quay lại phía sau thì Travis lại một lần nữa thấy hình ảnh của Alessa, lúc này cô bé đã được giải phóng toàn bộ sức mạnh nhờ vào tấm bùa Flauros và cô đã muốn biến toàn bộ Silent Hill trở thành biển lửa địa ngục.
Travis đã nhanh chóng thoát khỏi nơi đó để đến với Nowhere và tại đây thì anh đã phải sử dụng tấm bản đồ vẽ nguệch ngoạc để có thể thoát khỏi rất nhiều những con quái vật đang truy đuổi mình.
Cuối cùng thì anh cũng đã có thể đến được cửa hàng đồ cổ Green Lion Antiques nơi mà trên bản đồ được đánh dấu là Go Here. Cũng tại cửa hàng này thì Travis cũng đã bắt gặp một cảnh tượng kinh hoàng khi những thành viên của The Order đã và đang thực hiện nghi lễ hiến tế thân xác cháy đen của Alessa.
Travis lúc này đã bị Micheal gây mê và đưa vào một thực tại kinh hoàng, nơi mà anh phải đối mặt với một con quái vật mang tên Alessa's Dream. Khi đánh bại được con boss này thì anh sẽ được đưa về cửa hàng đồ cổ mà tại đây, ánh sáng của chiếc bùa Flauros chiếu vào thân xác của Alessa và tạo nên hình hài của một đứa trẻ sơ sinh.
Đây cũng là thời điểm mà các Ending diễn ra.
Good Ending
Travis có thể thoát khỏi được quá khứ đau buồn của mình để về thế giới của thực tại. Bước chân ra khỏi thị trấn thì Travis đã quay trở lại chiếc xe tải của mình và qua tấm gương chiếu hậu thì anh có thể thấy được hình ảnh của Alessa đang ôm trên tay đứa bé (sau này chính là Cheryl Mason). Travis đã mỉm cười và lái xe lên đường.
Đây cũng chính là kết thúc kết nối với cốt truyện của Silent Hill 1, cùng với đó là việc Travis sẽ xuất hiện tại phần đầu của Silent Hill: Homecoming cho thấy good ending là true ending.
Bad Ending (giết 100 con quái vật)
Lúc này thì Travis thấy mình đang bị trói trên một chiếc giường bệnh tại Otherworld, nhiều khả năng anh đã sử dụng chất ma tuy PYV, thứ là Micheal đang buôn lậu.
Trong lúc đang cố thoát ra thì có một giọng nói vừa lạ vừa quen bỗng vang lên cùng tiếng la hét thất thanh, một trong số đó là một giọng nói cho rằng họ không phải là cha mẹ của anh, đồng thời cầu xin Travis tha thứ cho họ. Tiếp đến chính là bóng dáng của một thành viên trong The Order xuất hiện.
Theo như cái kết này thì có thể Travis đã và đang trong cơn phê thuốc, dẫn đến việc bản thân bị ảo giác và tàn sát rất nhiều người vô tội để rồi anh bị tẩy não và trở thành một phần của The Order nhờ vào những thành tích của mình.
Ngoài ra thì loạt ảnh Cause of Death được phát hiện trong nhà nghỉ Riverside còn cho thấy Travis vốn có thể là tên sát nhân hàng loạt từ trước.
UFO Ending (tìm được chìa khóa phòng 502)
Travis lúc này đã cố gắng mở cửa phòng 502 nhưng không được để rồi một chiếc UFO bất ngờ từ trên trời rơi xuống cùng với sự xuất hiện của một người ngoài hành tinh và một chú chó Mira trong Silent Hill 2 để nói rằng chiếc xe tải của Travis đang kẹt ở hành tinh của họ.
Quốc vui mừng, Travis đã hỏi rằng liệu anh có thể lái UFO được không và cả 3 bước lên phi thuyền rồi bay đi