Bằng việc để Shao Kahn giành chiến thắng, qua đó tạo điều kiện cho các Elder God can thiệp, Raiden đã ngăn được việc Outworld nhập làm một với Earthrealm. Nhưng dường như mọi khó khăn vẫn chưa dừng lại ở đó, khi các thế lực như Shinnok và Quan Chi vẫn đang đe dọa đến sự tồn vong của Trái Đất
Xem thêm:
Một vài năm sau thất bại của Shao Kahn, Shinnok thoát khỏi Netherrealm và phát động một cuộc xâm lược Earthrealm. Bản thân Shinnok thì bay đến ngôi đền trên trời của Raiden với ý định đầu độc Jinsei, nguồn sống của Earthrealm. Shinnok suýt nữa đã có thể cầm tù Raiden và Fujin trong mặt dây chuyền của mình, nhưng Johnny Cage đã kịp can thiệp và giật lấy nó.
Shinnok vô hiệu hóa hai người bạn đồng hành của Cage là Kenshi và Sonya Blade, nhưng Johnny đã thành công trong việc cầm chân gã cựu thần và đưa mặt dây chuyền cho Raiden. Raiden cầm tù Shinnok ngay trong mặt dây chuyền của hắn. Theo lời đề nghị của Fujin, hai vị thần mang mặt dây chuyến đến gặp các Elder God để hỏi xin ý kiến. Ngay sau đó, Johnny và Sonya đi đến pháo đài của Quan Chi ở Netherrealm với hi vọng hạ gục tên thầy phù thủy này và những bóng ma tay sai của hắn trước khi chúng có thể gây thêm bất kì rắc rối nào.
![Cốt truyện Mortal Kombat Phần 10: Câu chuyện của 25 năm sau]( "Cot truyen Mortal Kombat Phan 10: Cau chuyen cua 25 nam sau")
Pháo đài của Quan Chi
Trong cuộc chiến chống lại Quan Chi, Scorpion và các bóng ma của Jax với Sub-Zero (Đã trở lại hình dạng con người), Cage bị đâm, và Quan Chi bắt đầu triệu hồi một bóng ma khi linh hồn của anh đang rời khỏi thân xác. Nhưng Sonya kịp đánh bại Quan Chi, và Raiden tìm được cách đảo ngược phép thuật của hắn, giúp cho cả Johnny Cage, Sub-Zero, Jax và cả Scorpion đều sống lại.
Trong những năm sau đó, Johnny và Sonya kết hôn, có một cô con gái tên Cassie, nhưng sau đó đã ly dị nhau. Scorpion hồi sinh lại gia tộc Shirai Ryu, trong lúc dạy dỗ con trai của Kenshi là Takeda, và Sub-Zero trở thành Grandmaster mới của gia tộc Lin Kuei, sau khi giết chết Sektor. Hai mươi năm sau thất bại của Shinnok, Johnny Cage triệu tập một nhóm chiến binh bao gồm Cassie, con gái của Jax là Jacqui, Takeda, và cháu của Kung Lao, Kung Jin.
![Cốt truyện Mortal Kombat Phần 10: Câu chuyện của 25 năm sau 2]( "Cot truyen Mortal Kombat Phan 10: Cau chuyen cua 25 nam sau 2")
Johnny Cage
Sau khi trải qua một khóa tập huấn với Sub-Zero, họ được gửi đến Outworld để giải quyết một cuộc nội chiến giữa cựu nữ vương Mileena, người đã tiếp nhận mặt dây chuyền của Shinnok, và Hoàng đế hiện tại của Outworld, Kotal Kahn, người đã kí hóa ước với Earthrealm. Trên Earthrealm, Sonya bắt Kano và buộc hắn khai ra nơi Mileena đang giữ mặt dây chuyền.
Với thông tin này, đội của Cassie hỗ trợ cho Kotal trong việc lấy lại mặt dây chuyền của Shinnok và bắt giữ Mileena. Sau khi xử tử Mileena, Kotal quyết định giữ mặt dây chuyền ở Outworld, giữ Cassie cùng bạn bè cô làm con tin để ngăn Raiden tấn công lại. Chỉ huy phó của Kotal, D'Vorah, hóa ra là điệp viên hai mang của Quan Chi, quyết định trộm mặt dây chuyền. Cassie và đội của cô thoát được, và báo cho Sonya về ý định của D'Vorah.
![Cốt truyện Mortal Kombat Phần 10: Câu chuyện của 25 năm sau 3]( "Cot truyen Mortal Kombat Phan 10: Cau chuyen cua 25 nam sau 3")
Cassie Cage
Được hỗ trợ bởi Sareena, Jax và Kenshi tiến hành một cuộc tấn công vào Netherrealm và bắt được Quan Chi đang suy yếu, giam giữ hắn ở một trại tị nạn trên Earthrealm. Scorpion, sau khi được Sub-Zero tiết lộ sự thật về việc Quan Chi có liên quan đến cái chết của gia đình và gia tộc mình, đã quyết định thâm nhập vào trại cùng với các thành viên trong gia tộc để ám sát hắn, đánh bại Kenshi, Johnny và Sonya trước khi chạm mặt Quan Chi. Ngay lúc Scorpion chuẩn bị xuống tay, D'Vorah xuất hiện cùng với mặt dây chuyền.
Quan Chi đã kịp hoàn thành một đòn phép ngay trước khi bị Scorpion chặt đầu, giúp Shinnok thoát khỏi việc bị giam giữ. Vốn đã bị yếu đi do cuộc tấn công trước đó của gia tộc Shirai Ryu, Johnny bị Shinnok và D'Vorah bắt làm tù binh. Với sự hỗ trợ từ các bóng ma từ bùa phép của Quan Chi, Shinnok và D'Vorah tấn công lên Sky Temple, đánh bại Raiden. Shinnok sau đó bước chân vào Jinsei và tha hóa nó, tự biến bản thân thành một con quỷ hùng mạnh.
![Cốt truyện Mortal Kombat Phần 10: Câu chuyện của 25 năm sau 4]( "Cot truyen Mortal Kombat Phan 10: Cau chuyen cua 25 nam sau 4")
Shinnok hóa quỷ
Đội của Cassie đuổi theo Shinnok, nhưng bị cản trở bởi Kotal Kahn và quân đội của hắn. Họ nói cho hắn về sự trở lại của Shinnok, và Kotal quyết định sẽ giết họ để làm hài lòng Shinnok, có thêm thời gian nhằm tăng cường phòng ngự của Outworld. May mắn là Sub-Zero cùng các đồng đội Lin Kuei xuất hiện đúng lúc để đẩy lui đạo quân của Outworld. Trên Sky Temple, Jacqui và Takeda giữ chân các bóng ma, trong khi Cassie và Jin bước chân vào Jinsei. Ở đó, Cassie đánh bại D'Vorah và Shinnok, giải cứu cha của cô.
Raiden sau đó tiến hành thanh tẩy đền thờ Jinsei, loại bỏ sức mạnh của Shinnok, và buộc các bóng ma phải rút lui. Sonya cùng lính của cô tìm đến, và gia đình Cage đoàn tụ. Các bóng ma của Liu Kang và Kitana lúc này đang tạm thời nắm quyền ở Netherrealm trong thời gian Shinnok vắng mặt. Được cho là đã bị tha hóa trong quá trình thanh tẩy Jinsei, Raiden xuất hiện trước mặt hai người họ, giơ lên cái đầu vẫn còn sống của Shinnok, và nói rằng họ sẽ phải đổi mặt với "những số phận tệ hơn cái chết" nếu có ý định đe dọa Earthrealm.